数据与目录组织

切换语言: Data Organization

原始 DeepChrInteract 项目围绕主入口脚本、预处理脚本、模型定义、训练测试逻辑、 日志结果以及 DNA 序列资源组织代码与数据。

当前项目保留相同的科学工作流，但用更易维护的目录结构重组。

仓库结构

.
├── src/
│   ├── config.py
│   ├── dataset.py
│   ├── encoders.py
│   ├── train.py
│   ├── evaluate.py
│   └── models/
├── scripts/
│   ├── preprocess.py
│   ├── run_experiment.sh
│   └── test_pipeline.py
├── results/
├── latex/
├── DeepChrInteract-main(old)/
├── README.md
├── PRD.md
└── TASK.md

原始数据布局

新的预处理入口默认每个细胞系读取四个文本文件：

data/raw/{cell_type}/
    seq.anchor1.pos.txt
    seq.anchor2.pos.txt
    seq.anchor1.neg.txt
    seq.anchor2.neg.txt

处理后数据布局

预处理后保存为：

data/{cell_type}/
    train.npz
    val.npz
    test.npz

每个 NPZ 包含：

  • seqs_e：增强子序列字符串；

  • seqs_p：启动子序列字符串；

  • labels：二分类标签。

结果目录布局

results/{exp_id}/seed{n}/
    config.json
    best.pt
    last.pt
    history.json
    metrics.json
    roc_curve.png
    pr_curve.png

旧版归档

原始 Keras 实现仍保留在 DeepChrInteract-main(old)/ 中，用于历史比对、 方法溯源以及查看旧版图示与文档写法。

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