旧版保留说明

切换语言: Legacy Notes

本页用于保留旧版文档中的核心写作内容，而不是将其抹掉。

旧版 QuickStart 重点

• CPU 内存建议 16GB

• GPU 显存建议 8GB

• Python 3.8

• Keras == 2.4.0

• TensorFlow == 2.3.0

• numpy >= 1.15.4

• scipy >= 1.2.1

• scikit-learn >= 0.20.3

• seaborn >=0.9.0

• matplotlib >=3.1.0

旧版动机

旧版文档的核心动机是：虽然基于染色质相互作用区域侧翼 DNA 序列的深度学习方法 不断发展，但能够整合并评估不同深度学习架构的综合工具仍然不足。

旧版模型清单

• onehot_cnn_one_branch

• onehot_cnn_two_branch

• onehot_embedding_dense

• onehot_embedding_cnn_one_branch

• onehot_embedding_cnn_two_branch

• onehot_dense

• onehot_resnet18

• embedding_cnn_one_branch

• embedding_cnn_two_branch

旧版数据组织重点

原始项目主要围绕以下对象：

• DeepChrInteract.py 主入口；

• data_preprocessing.py 预处理；

• model.py 模型定义；

• train.py 训练；

• test.py 测试；

• embedding_matrix.npy DNA2Vec 特征；

• data/ 数据目录；

• h5_weights/ 和 result/ 输出目录。

保留原则

当前文档会保留这些旧版精华，并在其上扩展新的 PyTorch 设计，而不是覆盖掉原来的 方法脉络。